·1998年成立计算机科学系
·1999年计算机科学与技术本科专业招生
·2003年4月计算机科学系更名为计算机科学与工程学院
·2004年3月建成清华同方共建实验室
·2005年信息管理与信息系统本科专业招生
·2005年成立温州市信息安全研究中心
·2006年7月从学院路校区搬迁至茶山南校区
·2007年计算机应用技术硕士专业招生
·2008年6月成立“锦阳珠宝奖助学金”基金会
·2008年网络工程本科专业招生
·2008年11月成立温州大学思科网络技术学院创新与实践中心
·2008年12月与物理与电子信息学院合并成立物理与电子信息工程学院
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