发现所有始祖鸟标本的索伦霍芬石灰岩的丰富及多样性提供了侏罗纪时期的巴伐利亚与现今的大为不同。纬度与美国佛罗里达州相约,而植物化石显示适合干燥环境及缺乏河流泥沙的特征,可见气候则较为干燥。这些植物纵然稀少,仍有苏铁科及松科;而动物则有大量的昆虫、细小的蜥蜴、翼龙及美颌龙。
保存最完好的始祖鸟化石及其他在索伦霍芬石灰岩发现的化石显示它们并非在保存前经历了很远的距离。始祖鸟的标本应该是生活在索侯芬湖附近的小岛,而非尸体从远处漂浮而来。始祖鸟骨骼较索侯芬的其他翼龙化石为小,如喙嘴龙属这些支配被现今海鸥占有的生态位,却足以显示它们并非由北方50公里外大岛上的流浪者。
这些围绕索伦霍芬湖的岛屿都是低洼、半干燥及*带的,有着长的旱季及较小雨量。生存在这些岛上的植物都是适应了干旱环境及大部份矮于3米的灌木。与始祖鸟攀树的重组相反,这些岛上似乎没有这些高大的树木,在泥沙下只发现一些树干,而化石化的树木花粉亦没有被发现。
始祖鸟的生活习性已经很难去重组,但仍有几个有关的理论。有些学者认为它主要是在陆地上生活,而其他的认为主要是栖息在树木上。缺小树木并非排除了始祖鸟生活在树上的可能性,有几种现存的鸟类都生活在灌木中。在形态学上就有几个范畴显示始祖鸟的栖息地,包括它的脚的长度、脚掌的延伸度等。一些权威认为它是可以同时在灌木上、陆地上及甚至在湖岸上觅食生存。它很大可能是猎食细小猎物,视乎大小而用颚或爪来捕捉。
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