固氮微生物体内有固氮酶复合物(nitrogenase complex),它具有还原分子氮为氨的功能。固氮酶复合物有两种组分:一种含有铁,叫铁蛋白( Fe protein),又称固氮酶还原酶(dinitrogenase reductase),由两个37~72 kDa的亚基组成。每个亚基含有一个4Fe - 4S2-簇,通过铁参与氧化还原反应,其作用是水解ATP,还原钼铁蛋白;另一种含有钼和铁,叫钼铁蛋白(MoFe Protein),又称固氮酶(dinitrogenase),由4个180~225kDa的亚基组成,每个亚基有2个Mo-Fe-S簇。作用是还原N2为NH3。铁蛋白和钼铁蛋白要同时存在才能起固氮酶复合物的作用,缺一则没有活性。
固氮酶复合物遇O2很快被钝化。所以大多植物的内共生的固氮菌都是厌氧菌。
例子:与豆科植物共生的根瘤菌,与非豆科植物共生的放线菌,以及与水生蕨类红萍(亦称满江红)共生的蓝藻(鱼腥藻)等,其中以根瘤菌最为重要。
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