《本草纲目》共收录了1892种中药,分为52卷。前四卷为附录,包括序言、凡例、目录、附图、引用书目、资料及医药基础理论等。从第五卷开始,是全书的主体部分。李时珍将药物分为16部,即水部、火部、土部、金石部、草部、谷部、菜部、果部、木部、服器部、虫部、鳞部、介部、禽部、兽部、人部。每一部又细分为62类。其中,植物类1195种,动物类340种,矿石类357种。书中还收录了11096种历代医家的临床验方,其中新增8100多个,附有1127幅矿植物插图。
在药物解说方面,《本草纲目》分为八个部分。第一部分释名,罗列典籍中药物的异名,并解释各种名称的由来;第二部分集解,收集诸家对该药产地、形态、栽培、采集等的论述;第三部分修治,介绍该药的炮制法和保存法;第四部分气味,介绍该药的药性;第五部分主治,列举该药所能治的主要病症;第六部分发明,阐明药理或记录前人和自己的心得体会;第七部分正误,纠正过去本草书中的错误;第八部分附方,介绍以药为主的各种验方及其主治。该书的分类方法,首先无机物而后有机物,先植物而后动物。植物类药物中,先草、谷、菜而后果、木;动物类药物中,先虫、鳞、介而后禽、兽,最后叙述人类药。
《本草纲目》对矿物药进行了科学分类,这在无机化学方面已具备一定水平。李时珍记述的每一物质,均评论其来源、鉴别与化学性质。该书以单体元素为纲,对各化合物作了比较全面的论述和分类,大体上对前代所存在的混乱作了澄清。在生物药的分类方面,《本草纲目》采用了“双#法”,虽然不能达到现代所应用的拉丁系统双名法那么科学精确,但在明代却是世界上最为先进的。在动物药的分类方面,书中将虫类视为无脊椎动物,鳞类视为鱼类和部分爬行类,介类则视为两栖类和少数软体动物类,禽类为鸟类,兽类为哺乳类动物。其分类方法富有科学性,代表了当时的先进水平。
《本草纲目》在药物学发展方面做出了卓越贡献。考订了前人1518种药物,并以亲身实践,调查研究,搜询访验,为中国医药宝库增加了374种新药。书中纠正了明代之前《本草》中的许多错误和非科学内容。关于水银的记述,体现了李时珍严肃认真求实的科学态度和无畏精神。他的认识在当时达到了科学发展的最新水平,对根除服水银以求长生的荒谬做法产生了积极作用。
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