在进行生物信息学分析时,DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)是一个常用工具,帮助研究者进行基因功能注释、通路分析等。使用DAVID时,首先需要访问其官网:david.ncifcrf.gov/。
当你从GEO数据库中筛选出差异表达基因(DEGs)后,希望对这些基因进行GO(Gene Ontology)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)或Reactome的通路注释,可点击“Functional Annotation”选项。
在输入框中直接输入基因名称,但往往遇到识别困难,因为需要特定格式的基因名称。这时,网页提供转换工具选项“submit to conversion tool”,它能自动读取并对应输入的基因名称至可读编号。
点击转换后,页面将显示对应的编号,接着点击即可查看注释结果列表。确认无误后,点击“OK”,该列表将自动返回至原输入框页面。再次提交后,你就能获取详细的基因注释信息。
进入DAVID的注释界面,你将看到与GO注释类似的结果,包括基因的生物学过程、分子功能和细胞成分的注释。所有信息均可下载保存。
值得注意的是,KEGG注释有时会遇到困难,这可能源于基因名称难以转换为KEGG所使用的命名方式,从而难以匹配对应的通路。
本文如未解决您的问题请添加抖音号:51dongshi(抖音搜索懂视),直接咨询即可。