研究特定细胞中某个蛋白质的表达水平,通常涉及对细胞进行分子标记物和目的蛋白的双重染色。通过标记细胞,随后量化目的蛋白的荧光强度,获取其在特定细胞中的表达数据。
在执行此类实验时,确保通过分子标记物信号准确标识目标细胞至关重要,因此自动识别细胞成为不可或缺的步骤。ImageJ是实现这一目标的常见工具,赵钰琛老师的教程提供了详尽的指导,帮助操作者实现自动细胞识别。
近年来,Cellpose的出现为细胞分割提供了更为强大的工具,其功能优于ImageJ,赵钰琛老师的教程同样提供了Cellpose的使用指南,涵盖从安装到高级应用的多个方面。
Cellpose通过图像分析技术,自动分割出细胞并识别目标细胞,显著提高了实验效率和准确性。在脊髓横切片的免疫荧光照片中,通过标记蛋白N和蛋白X,Cellpose能够精确识别并分析标记N的细胞中蛋白X的表达水平。
实验流程包括:首先,按照Cellpose的安装教程准备环境并安装Cellpose。确保遵循Anaconda的安装步骤,使用清华镜像安装Cellpose及GUI。如有条件,可以参考赵老师关于GPU加速的教程,以提升计算性能。
在Cellpose界面开始分析,加载图像并预估细胞尺寸,通常通过测量已知大小的细胞来设定参数。接着,选择分析通道,进行模型训练并识别细胞。经过运算,Cellpose将标注每个细胞并生成蒙版。
识别出的细胞需要在ImageJ中进一步分析其荧光强度。通过保存Cellpose的ROI信息为ImageJ兼容格式,并在后者中加载,实现细胞的量化分析。在ImageJ的ROI Manager中,可以查看和测量每个细胞的荧光强度,并保存数据用于后续统计分析。
为了深入了解ImageJ的测量功能,推荐进一步学习其详细教程,以充分利用这一工具的强大功能,实现更精准的数据分析。
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